Angesiedelt ist die Geschichte um den 12-jährigen Gon Freaks in einer Welt, in der die so genannten Hunter als einzige die Möglichkeit haben, sich frei auf der ganzen Erde zu bewegen. Diese Hunter dürfen, haben sie erst einmal die Hunter-Prüfung bestanden, alles, auch Morden.
Gon möchte nun Hunter werden, weil sein Vater, den er nicht kennt, ebenfalls einer ist. Also muss der Junge die Hunter-Prüfung zu bestehen. Auf dem Weg dorthin trifft er Kurapika, Leorio und Killua, die ebenfalls die Hunter-Lizenz erwerben wollen. Die zahlreichen Etappen beinhalten Navigieren, Jagen im Dschungel, Sushi machen. Sie müssen einzeln, aber auch im Team arbeiten. Ein anderer Teilnehmer ist der unheimliche Magier Hisoka, der seine Karten wahlweise zum Spielen oder töten einsetzt. Hisoka, der mit Abstand der stärkste Teilnehmer, wird auf Gon aufmerksam und beschließt diesen im Auge zu behalten, da er sehr viel versprechend aussähe. Die Freunde bestehen alle bis auf Killua, der von seinem großen Bruder behindert wird und verschwindet.....
